Sebagai ganti Sultan Ibrahim ditabalkan Raja Muhammad iaitu Raja Muda. Walaupun baginda bukan anak isteri pertama bergelar Sultan Muhammad bersemayam di Kuala Selangor juga.

Pentadbiran baginda yang lemah itu menyebabkan Kuala Selangor menjadi sarang perompak. Buktinya peristiwa pembunuhan beramai-ramai terhadap Orang Melayu ioleh Cina di Lukut tidak diambil tindakan, sedangkan baginda sendiri banyak berhutang kepada saudagar-saudagar di Melaka.

Perbuatan berhutang ini hingga melibatkan baginda sendiri hendak dicolek oleh saudagar-saudagar di Melaka. Nasib baginda agak baik, menatu Raja Juma’at memberikan jaminanakan melangsaikan segala hutang-hutang tersebut.

Dari kelemahan baginda inilag juga yang menyebabkan seorang keluarga Diraja Selangor bernama Raja Busu dengan sewenang-wenangnya membuka Lukut kerana bijih timahnya tetapi tidak membayar ufti kepada Sultan Muhammad.

Kelemahan-kelemahan baginda ini juga membuka luas pintu perang saudara di Selangor. Baginda juga terlalu suka memberikan sesuatu kawasan di bawahnya itu kepada menantu tidak kepada anak lelaki baginda.

Seperti mana yang terdapat Kuala Lumpur diserahkan kepada Raja Abdullah, Klang pada mulanya diberikan kepada anak lelakinya, Raja Sulaiman, tetapi apabila berlaku sesuatu Klang diserahkan pula kepada menantunya. Sementara Lukut pula diserahkan kepada Raja Juma’at iaitu menantu baginda.

Sikap memberikan kuasa Selangor dari anak kepada menantu ini menimbulkan perang saudara antara Raja Mahadi (anak saudara) menentang beliau. Begitu juga kuasa mentadbirkan negeri Selangor sendiri juga diserahkan kepada Raja Ab. Samad suami Tengku Atfah, turut membangkitkan peperangan saudara.

Kuasa menantu ini lebih meluas dan menjadi kemarahan rakyat, apabila pentadbiran Selangor diserahkan oleh Sultan Ab. Samad kepada menantunya Tengku Kudin. Kesemua perang saudara ini secara tidak langsung melibatkan Kuala Selangor.

Dari pergolakan ke pergolakan yang lain menyebabkan Selangor dalam keadaan kacau-bilau. Akhirnya baginda mangkat dalam keadaan negara yang tidak stabil pentadbirannya. Baginda dimakamkan di tempat yang sama di atas Bukit Selangor.

Dengan kemangkatan sultan Muhammad, Sultan Selangor tidak lagi bersemayam di Jugra. Perpindahan tersebut berlaku kerana pergeseran antara orang-orang besar di Kuala Selangor mengenai penggantian sultan.

Pemeterian Perjanjian Persekutuan Tanah Melayu 1927 Diantara Sultan  Selangor, Perak, Negri Sembilan dan Pahang.

Pergolakan antara Raja Muhammad, putera Sultan Muhammad dengan Tengku Ampuan basik yang masih kecil dilantik sebagai Raja Muda dan dipangku oleh Raja Juma’at (Lukut) berterusan kepada perang saudara.

Ketiga-tiga makam almarhum tersebut masih terdapat hingga ke hari ini dan terpelihara dengan baik di atas Bukit Selangor bersama pusara yang lain.

Setelah pentadbiran Selangor berpindah ke Jugra, di Kuala Selangor hanya tinggal seorang wakil sultan untuk memungut cukai di Sungai Selangor iaitu Raja Musa, putera Sultan Ab. Samad.

Apakala wakil sultan ini dihapuskan, Kuala Selangor hanya tinggal di bawah pempinan seorang besar daerah berjawatan Yang Dihormati Datuk Penggawa Paduka Mahabijaya Permatang dan Kuala Selangor, iaitu salah seorang dari empat orang besar Selangor.

Jawatan ini bermula pada tahun 1785 semasa Selangor diperintahkan oleh Sultan Ibrahim. Orang yang pertama tidak diketahui tetapi nyata jawatan tersebut diteruskan hingga ke pemerintahan Sultan Alauddin Sulaiman Syah yang bersemayam di Klang.

Pada 20hb. Oktober, 1898, Sultan Sulaimantelah melantik seorang besar Penggawa Permatang iaitu :

1. Datuk Haji Ahmad bin Baba, bergelar Datuk Penggawa Tua Permatang Paduka Mahabijaya.

2. Datuk Haji Mohd. Shah, digelar pada tahun 1916.

3. Datuk Ismail bin Mohd. Shah, digelar pada 13hb. Mei, 1948.

4. Datuk Hj. Ibrahim bin Datuk Ismail, dilantik pada 13hb. Mei, 1958 bergelar Paduka Mahabijaya Permatang dan Kuala Selangor. Masih bertugas.

Mengikut setengah pendapat, di Jeram dahulunya ada seorang ketua bernama Datuk Mafak dikatakan mati tertembak peluru emas, lepas itu digantikanoleh adaiknya bernama Datuk Sulaiman. Dari keturunan inilah yang digelar oleh Sultan Sulaiman sebagai Penggawa Permatang itu.